Крепость заложена в XIII в. золотоордынским ханом Берке и получила название Ак-Либо[1] В XIV веке генуэзцы получили право (ярлык) на пользование крепостью как укрепленным торговым центром (генуэзцы использовали названия Маврокастро, Монкастро). После утери Золотой Ордой в середине XIV века территорий Днестровского лимана, крепость перешла в управление молдавских князей. Генуэзцы так же лишись права на использование крепости.

Средневековая крепость, которая строилась в периоды генуэзского и молдавского господства, неоднократно подвергалась нападению. В XV веке гарнизон трижды отразил попытки Османской империи захватить эту твердыню. И только в 1484 году предавшие народ старейшины города преподнесли султану Баязиду II символические ключи от города и крепости. В течение трёх веков Аккерман входил в состав султанской Турции. Кроме того, сюда совершали военные походы казачьи отряды под предводительством атаманов Е. Дашкевича, И. Покотила, Г. Лободы, И. Сирко, С. Палия.

С историей города связаны три русско-турецкие войны. В военных кампаниях участвовали выдающиеся русские полководцы и флотоводцы: Фёдор Фёдорович Ушаков, Михаил Илларионович Кутузов (в период второй русско-турецкой войны несколько месяцев был комендантом крепости), атаман донских казаков Матвей Платов — будущие герои войны с французами 1812—1813 гг. и др. По Бухарестскому мирному договору (1812 года) земли Нижнего Приднестровья с крепостями Хотин, Тигина, Аккерман, Килия, Измаил отошли Российской империи.

В 1832 году Аккерманская крепость упраздняется как военный объект. А в 1963 году, по Постановлению Совета Министров УССР № 970 «Об упорядочении дел учёта и охраны памятников архитектуры на территории Украинской ССР», Аккерманская крепость была внесена в список памятников архитектуры, которые находятся под охраной государства. Белгород-Днестровская крепость — уникальный памятник оборонной архитектуры средневековья. С 1 июля 2011 года к управлению Белгород-Днестровской средневековой крепостью приступило руководство областного коммунального предприятия «Фортеця».